故事发生在德川幕府诞生数十年后。传说世上有三件由太空金属制成的神器，得到它们就能拥有征服世界的力量。我们的主人公是身背三神器之一“大帝之剑”的武士万源九郎（阿部宽饰），他遵从祖父的遗命要将三神器送往原来的归属之处，为了寻找剩下的“斗神的独钴杵”、“犹大的十字架”而踏上旅程。
旅途中，源九郎邂逅丰臣家后裔美丽的公主舞（长谷川京子饰）。源九郎打败德川家的追兵，救了公主，接着便与舞及其守护者——真田忍者佐助（宫藤官九郎饰）结伴同行。突然之间，舞变得言行诡异，与往常判若两人。原来宇宙人蓝为了获得舞体内的宇宙金属，附到了她的身上。另外，又一个宇宙金属的追寻者——神秘美剑士牡丹（黑木明纱饰）也在监视着源九郎一行。
德川家派出的妖怪忍者军团“土蜘蛛众”意欲剪灭丰臣后裔、夺走神器，不断袭击源九郎一行。还有追踪蓝从宇宙边缘来到地球的外星人达库夏也先后附身在熊男、猎人权三以及破颜坊身上，连连制造麻烦。“有趣有趣！”源九郎从来就没有害怕过挑战，他挥舞着巨剑迎击一个又一个的敌人……
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